База данных "Репродуктивного потенциала мужского населения России"

На данный момент собраны данные 1390 мужчин из пяти городов (Архангельска, Новосибирска, Кемерово, Улан-Удэ, Якутска), представляющих три этноса - славян, бурят и якутов. Общая схема базы данных РПМ представлена на рисунке 1.

Рисунок 1. Общая схема базы данных "Репродуктивного потенциала мужского населения России"

Таблица Trips содержит информацию об экспедициях, в рамках которых были собраны информация об феноме мужчин.

ПолеКомментарий
Id_Trip Идентификатор экспедиции
Town Город
Year Год, в котором была проведена экспедиция
CommentsДополнительная информация об экспедиции

Таблица Men содержит фенотипических данные мужчин, в том числе антропометрические показатели; уровни тропных и стероидных гормонов; пептидного гормона семенников; показатели качества эякулята; показатели обмена веществ; результаты обследования андролога; данные о перенесенных урологических заболеваниях.

ПолеКомментарий
Id_man Номер, под которым фигурировал мужчина во время проведения экспедиции.
Expedition_Id Экспедиция, в рамках которой была собрана информация.
Nationality Национальность
Age Возраст
Mass Вес
Height Рост
WC Окружность талии
HC Окружность бедер
BMI Индекс массы тела
TV Тестикулярный объем
SystolicBP Систолического артериального давления
DiastolicBP Диастолического артериального давления
SA Количество дней сексуального воздержания
Ejaculation Объем эякулята
CountS Общее количество сперматозоидов
ConcentrationS Концентрация сперматозоидов в эякуляте, подсчитанная с использованием камеры Горяева
MotilityS Доля подвижных сперматозоидов
MorphologyS Доля морфологически нормальных сперматозоидов
TZI Индекс тератозооспермии
LH Уровень лютеинизирующий гормон
FSH Уровень фолликулостимулирующий гормон
T Уровень тестостерона
E2 Уровень эстрадиола
InhibinB Уровень ингибина B
Triglycerides Уровент триглицеридов
Cholesterol Уровень общего холестерина
HDL Уровень липопротеинов высокой плотности
LDL Уровень липопротеинов низкой плотности
Glucose Уровень глюкозы
UricAcid Уровень мочевой кислоты
Andrologist Диагноз андролога
Diseases Список перенесенных заболеваний, которые могли повлиять на репродуктивные функции
DFIИндекс фрагментации ДНК сперматозоидов
AZFТип микроделеции AZF локуса Y хромосомы
CAGКоличество CAG-повторов в экзоне 1 гена рецептора андрогенов AR
 

Таблица Sperm содержит более детальную информацию об эякулята добровольца.

ПолеКомментарий
Id_variant идентификатор варианта комбинации дефектов спермотозоида в эякуляте
Man_id номер, под которым фигурировал мужчина во время проведения экспедиции
Trip_idидентификатор экспедиции
FormHeadAbnналичие дефекта формы головки. Варианты значений:
  • Нормальная - осутствует (нормальная форма).
  • DimensionsAbn * - вариант аморфной формы. симметричные головки размеры которых меньше или больше рекомендованных для нормальной головки, но отношение длина/ширина в диапазоне (1.5, 1.75);
  • Овальная * - вариант аморфной формы. симметричные головки, у которых отношение длина/ширина находятся в (1, 1.5) или (1.75, 2).
  • Конусообразная* - вариант аморфной формы. конусообразная форма. Головки зауженной постакросомальной зоной, соотношение длина/ширина головки < 2
  • Аморфная- аморфная форма. Головки с неровными краями, несимметричные головки, c выростами в акросомальной или постакросомальной зоне, 2> отношение длина/ширина>1.
  • Грушевидная - Грушевидная форма. Головки с удлиненной и зауженной постакросомальной зоной, соотношение длина/ширина головки ≥2.
  • Вытянутая - вытянутая форма. Отношение длина/ширина головки ≥2, но постакросомальная зона и акросомальная зона головки одинаковой ширины.
  • Круглая - круглая форма. Отношение длина/ширина головки = 1
SHeadAbn*– наличие дефекта размеров головки. Варианты значений:
  • Нормальная - осутствует (нормальная форма).
  • Большая - Большая головка (площадь составляет более 20 мкм2).
  • Маленькая - маленькая головка (площадь составляет менее 5 мкм2).
DoubleHead*наличие двух головок у сперматозоида
VacuolatedHeadГоловка содержит более двух вакуолей и/или вакуоли занимают более 20% от площади головки и/или хотя бы одна вакуоль любого размера расположена в постакросомальной зоне
AcrosomeAbnналичие дефекта размеров акросомной области, при котором ее площадь меньше 40% или больше 70% площади головки
BentHeadналичие сильной изогнутости средней части по отношению к длинной оси головки
ERCналичие чрезмерной резидуальной цитоплазмы. Имеется резидуальная цитоплазматическая капля, площадь которой 1/3 и более от площади головки.
AsymmetNeckналичие дефекта средней части, при котором место ее прикрепления находится в стороне от линии оси головки
WMidpieceAbnналичии дефекта ширины средней части. Варианты значений:
  • Нормальная - осутствует (нормальная форма).
  • Утолщенная - Ширина средней части более 1 мкм.
  • Истонченная - Ширина средней части меньше ширины хвоста
DoubleTailналичие множества хвостов у сперматозоида
CoiledTailналичие скрученной формы хвоста
ShortTailналичие аномально короткого хвоста (Длина хвоста менее 45 мкм)
Count Количество сперматозоидов с такими же характеристиками (вариантом) в эякуляте добровольца
* - дефект не выделяется в отдельную группу в рекомендациях Всемирной организации здравоохранения (WHO, 2010), поэтому не отображается в интерфейсе к базе данных.

База данных RPM реализована с помощью СУБД MySQL, инсталлированной на Web-серверах ЦКП «Биоинформатика» ИЦиГ СО РАН.

Назад